Nel 1966 con la Carta apostolica Ecclesiae Sanctae, papa Paolo VI «per promuovere un adeguato rinnovamento» invitò tutti gli istituti religiosi a convocare un Capitolo generale. Per tal motivo, ed anche perché ormai era stato conseguito il Decretum laudis ed appariva pertanto necessario avviare una nuova fase d’istituzionalizzazione, il 21 giugno 1968 fu convocato un Capitolo generale straordinario, il primo nella storia della Congregazione.

Esso ebbe luogo in due sessioni distinte: la prima in Roma nel 1968 e la seconda in Dublino nel 1969. Vi parteciparono 17 Padri capitolari che elessero per la prima volta i quadri di governo e redassero due successivi documenti: il Mensaje del Capítulo General a todos los Legionarios (1968) e la Comunicación de los Padres Participantes en el primer Capítulo General a todos los religiosos de la Legión al término de las sesiones celebradas durante el segundo periodo, agosto-octubre 1969 (1969).

Entrambi i testi sottolineavano: l’adesione piena della Congregazione alla Chiesa ed al Papa in quei primi anni post conciliari, l’importanza per tutti i Legionari di osservare lo spirito delle Costituzioni, la trascendenza della corresponsabilità alla realizzazione della missione assegnata e l’imprescindibilità di una profonda preparazione apostolica in tutti i campi per far fronte alla crescita delle diverse attività ed opere che si stava verificando.

Dopo dodici anni, il II Capitolo generale ordinario fu convocato il 31 ottobre del 1991 e si svolse nella Direzione generale di via Aurelia in Roma con la partecipazione di 26 Padri capitolari tra il novembre e il dicembre del 1992. Il risultato dei lavori fu pubblicato nel 1993 con il titolo Comunicado y decretos. Questo testo si sofferma soprattutto sulla missione della Legione di Cristo nella Chiesa del tempo, sul processo d’istituzionalizzazione interna che aveva caratterizzato la Congregazione negli anni Ottanta e sulla formazione dei religiosi della Congregazione.

Inoltre, tratta ampliamente della situazione della Prelatura di Chetumal, del Movimento Regnum Christi, del’ECYD e delle altre opere di apostolato e aggiorna alcune norme disciplinari. Il 18 dicembre del 1992 i Padri capitolari furono ricevuti in Udienza privata da papa Giovanni Paolo II nella Sala del trono del Palazzo apostolico; il Santo Padre li esortò con le seguenti parole:

«Dio Padre vi ha benedetto con abbondanza di vocazioni, alle quali state trattando di dare una formazione umana, dottrinale e spirituale per affrontare le sfide della Chiesa nell’epoca odierna. Con la vitalità e l’allegria che vi caratterizzano, avete la possibilità di contribuire, anche attraverso il Movimento Regnum Christi, che diffonde la vostra spiritualità tra laici, giovani ed adulti, al rinnovamento cristiano della società, secondo le esigenze del Vangelo, particolarmente con una Nuova evangelizzazione […]».

Dall’8 gennaio al 25 febbraio del 2014 ha avuto luogo un nuovo Capitolo generale straordinario, celebrato sotto la presidenza del delegato pontificio, cardinal Velasio De Paolis, CS, e l’assistenza dei suoi consiglieri padre Gianfranco Ghirlanda, SJ, e Agostino Montan, CSI. Il Capitolo si è svolto ancora una volta nella sede della Direzione generale e ha visto la partecipazione di 61 Padri capitolari. I compiti principali sono stati la revisione delle Costituzioni e l’elezione di un nuovo Governo.

Il Comunicado capitular è apparso pochi giorni dopo e riguarda i seguenti importanti punti trattati alla luce del processo di riforma avviato negli ultimissimi anni: l’identità carismatica della Legione di Cristo, i rapporti tra la Congregazione ed il Movimento Regnum Christi, la vita fraterna in comunità, la vita liturgica e di preghiera, la formazione del religioso legionario e la Ratio Institutionis, il rinnovamento apostolico, il governo, l’autorità e l’obbedienza, l’amministrazione e il voto di povertà.