Tra il 31 maggio e il 2 giugno 2006 si tenne in Roma il II Congresso mondiale dei Movimenti ecclesiali e delle Nuove comunità che affrontò il tema La bellezza di essere cristiani e la gioia di comunicarlo. In concomitanza di questo evento organizzato dal Pontificio consiglio per i laici e dell’incontro dei Movimenti con papa Benedetto XVI, ebbe luogo presso l’Ateneo pontificio Regina Apostolorum anche un Incontro internazionale di gioventù e famiglia con la partecipazione di migliaia di membri del Regnum Christi provenienti da 24 diverse nazioni: Canada, Stati Uniti, Messico, El Salvador, Venezuela, Colombia, Perù, Brasile, Uruguay, Chile, Argentina, Spagna, Irlanda, Inghilterra, Italia, Germania, Austria, Polonia, Ungheria, Filippine, Corea del Sud, Australia e Nuova Zelanda.

Il Movimento cresceva e da parte dei suoi membri venne manifestata l’esigenza di un testo che ne esprimesse in maniera succinta la spiritualità e le tradizioni. Nel 2008 venne così pubblicato il Manual del miembro del Regnum Christi, il cui epilogo ribadisce che «l’autentico membro del Regnum Christi, seguendo le orme di Cristo, può realizzare la sua missione nella vita soltanto amando».

Nel gennaio del 2009 ebbe modo di constatare personalmente questo spirito il cardinal Stanislaw Rylko, presidente del Pontificio consiglio per i laici che visitò sezioni, opere di apostolato, centri di formazione del Terzo grado maschile e scuole in Città del Messico, intrattenendosi con diversi membri del Regnum Christi e dell’ECYD.

Durante un incontro nella sezione di Sierra Fría egli disse:

«Queste visite alle sedi del Regnum Christi sono, per me, momenti di grande meraviglia perché dimostrano quanti frutti diversi è capace di generare il vostro carisma nella vita delle persone e nella vita della Chiesa. […] Quante iniziative, quanti progetti! Chiunque vi ascoltasse, rimarrebbe meravigliato.  Sono realmente sorpreso da questa creatività. Dallo stesso carisma nascono tante iniziative bellissime e non mi resta che congratularmi. Che siate veramente fedeli allo Spirito Santo che opera in voi, lasciandovi guidare affinché vi faccia crescere in umanità e in vocazione cristiana».

Poco tempo dopo si apriva nel Movimento la crisi collegata alle vicende di padre Maciel.

In una prima fase infatti, il cardinal De Paolis: nell’ottobre del 2011 attribuiva le funzioni fino ad allora esercitate dal Delegato del Direttore generale agli Assistenti generali delle consacrate e dei consacrati, coadiuvati da tre Consiglieri, riservandosi l’approvazione di tutte le decisioni d’importanza; nel febbraio del 2012 sospendeva dette figure dei due Assistenti generali e nominava «in relazione al governo della vita interna» padre Gianfranco Ghirlanda, SJ, delegato per la vita consacrata maschile e padre Agostino Montan, CSI, delegato per quella femminile, specificando che essi avrebbero dovuto attuare secondo le forme di «governo interno tipico di una associazione di fedeli», ed il 27 maggio dello stesso anno promulgava il Reglamento para los miembros consagrados del Regnum Christi, un documento provvisorio che sostituiva, alla luce del c. 587 §3 del Codice di diritto canonico, ciò che riguardava i membri consacrati negli Estatutos approvati nel 2004, prendendo in considerazione anche gli Estatutos y reglamentos e Principios y normas de los miembros del tercer grado femenino del Movimiento Regnum Christi, due «testi normativi molto lunghi e dettagliati» che «furono dati da padre Maciel, in quanto responsabile del Terzo grado di Regnum Christi».

Questi atti facevano da prologo alla storica nascita il 1 giugno 2012 di un Governo generale autonomo sia dei consacrati, con Jorge López responsabile generale e sia delle consacrate, con Gloria Rodríguez responsabile generale. Nel frattempo nella primavera del 2012 l’Arcidiocesi di Santiago del Cile erige un’Associazione di fedeli a carattere diocesano denominata Totus Tuus, composta da ex consacrate del Regnum Christi. In ottobre s’insediava la Comisión central para la revisión de los Estatutos de los consagrados del Regnum Christi che lavorò fino alla celebrazione delle due Assemblee generali che si tennero tra novembre e dicembre 2013 e che ebbero come principale finalità quella di approvare i rispettivi testi fondamentali ed eleggere i nuovi quadri di Governo.

Così, il 12 dicembre 2013 il Delegato pontificio poteva approvare ad experimentum gli Statuti dell’Associazione internazionale e privata di fedeli di diritto pontificio dei Laicos consagrados del Regnum Christi e dell’Associazione internazionale e pubblica di fedeli di diritto pontificio delle Consagradas del Regnum Christi, rimettendo l’approvazione definitiva alle autorità competenti. Come responsabili generali vennero confermati Jorge López e Gloria Rodríguez.

Sempre nella lettera dell’11 luglio 2012, il Delegato inquadrò poi la situazione del Movimento in un’ottica più ampia:

«i fatti stessi ci hanno portato a confrontarci con la realtà complessiva, impegnata nell’annuncio e nell’apostolato del Regnum Christi: la Congregazione dei Legionari, il Movimento Regnum Christi con la sua componente laicale, e la sua componente di consacrati (ramo femminile e ramo maschile). Si tratta evidentemente di realtà apparentate nello stesso impegno apostolico e nella spiritualità; si tratta di realtà che partecipano allo stesso carisma vissuto da ciascun gruppo secondo una propria identità: l’identità laicale fondata sul battesimo, l’identità di persone consacrate che vivono in modo associativo i consigli evangelici nel mondo, e di sacerdoti religiosi. […] sembra imporsi anche l’esigenza di redigere una piattaforma comune sul carisma e alcune norme che regolino i reciproci rapporti nella vita della Chiesa e nell’apostolato secondo l’identità propria di ogni gruppo. […] Solo partendo dalla riflessione sull’identità e sulla missione propria del corpo totale e dell’unica famiglia si potranno individuare meglio le caratteristiche di ciascuna parte e delle relazioni mutue. […] Pertanto, abbiamo preso coscienza che c’è bisogno di riflettere sulle diverse componenti del Regnum Christi partendo dalla storia, dall’identità, dallo spirito e dalla missione comuni e secondo il ruolo particolare che corrisponde a ogni parte dell’insieme. […] Per tale riflessione sarà necessario preparare la bozza di un testo e riflettere poi su di esso, tutti insieme. Si potrebbe dire che si tratta di elaborare uno “statuto generale” o “norma fondamentale”, o una “regola” comune a tutti i membri del Regnum Christi, compresi i Legionari. Il testo in questione guiderà la riflessione di tutti».

In seguito ad alcune riunioni alle quali parteciparono membri appartenenti alle diverse vocazioni che condividono il carisma, il 19 ottobre 2012 veniva quindi presentato il documento denominato Lineamentos del carisma del Movimiento Regnum Christi; secondo il cardinal De Paolis si trattava di «un testo non definitivo» che «non intende innovare nulla circa il carisma stesso del Regnum Christi e delle parti che lo compongono; ma chiarirlo, assimilarlo e approfondirlo». E una significativa, piccola novità in questo senso compare.

Il 16 giugno 2010 Benedetto XVI nella lettera di nomina del Delegato pontificio accennava ad una «Famiglia religiosa»; il 15 febbraio 2012 lo stesso Delegato faceva per la prima volta esplicito riferimento ad una «Famiglia carismatica»; nei Lineamientos di ottobre 2012 si legge che nel Regnum Christi le «distinte categorie», vivono come «membri di una sola famiglia carismatica ed apostolica».

Un dibattito positivo su questo punto centrale avvenne durante il Convegno La primavera della Chiesa e l’azione dello Spirito che si tenne in Roma, in concomitanza con il primo incontro di papa Francesco con le nuove realtà ecclesiali, nel maggio 2013 nell’Ateneo Pontificio Regina Apostolorum, e al quale intervennero tra gli altri rappresentanti di Comunione e Liberazione, dei Focolarini, della Comunità di S. Egidio, di Rinnovamento dello Spirito e del Cammino Neocatecumenale, per scambiarsi vicendevolmente contributi circa l’apporto attuale dei movimenti alla diffusione della fede.

Durante alcune tavole rotonde, l’approfondimento del carisma del Regnum Christi è emerso spontaneamente dai cammini personali di fede e dalle esperienze vive di apostolato di chi ha offerto la propria testimonianza. Alla fine del 2013 si è stilato un Convenio de colaboración provvisorio tra le diverse componenti, da analizzare nel corso del nuovo Capitolo legionario e delle prime Assemblee dei consacrati e delle consacrate, e finalizzato ad una gestione condivisa dell’apostolato e dell’amministrazione. Il cammino verso un’idonea configurazione canonica, e corrispondenti Estatutos generales, è poi continuato nel 2014.

Nel mese di luglio, il cardinale João Braz de Aviz, prefetto della Congregazione per gli istituti di vita consacrata e le società di vita apostolica ha nominato padre Gianfranco Ghirlanda, SJ, come assistente pontificio dei Legionari di Cristo per coadiuvare il Governo generale soprattutto per questo obiettivo. Nel frattempo, vi è stata una riunione dei Governi generali della Congregazione, dei consacrati e delle consacrate, insieme con rappresentanti del Primo e del Secondo grado. Ciò ha portato ad un accordo definito Marco provisional para la colaboración en la misión del Regnum Christi a nivel general y territorial, alla nascita della Comisión central para la revisión del Estatuto general e alla costituzione di un Comité directivo general.

Quest’ultimo organismo ha esordito il 1 aprile del 2014. È stata la prima storica riunione unitaria per coinvolgere tutti i rami della «famiglia carismatica e apostolica» del Regnum Christi, «attraverso la partecipazione e la corresponsabilità, alla gestione della missione evangelizzatrice del Movimento». Infine, a partire dal 2 ottobre 2014 si è avviato uno specifico processo di riflessione dei membri di Primo e Secondo grado «circa la propria vita, spiritualità e missione come membri del Movimento».