A partire dal 1952, la Congregazione dipendeva giuridicamente dalla Diocesi di Roma. In quegli anni del secondo dopoguerra, Roma stava vivendo una fase d’incremento demografico ed urbanizzazione molto forte che poneva serie urgenze anche da un punto di vista pastorale. In un discorso ai parroci romani dell’8 marzo 1952, papa Pio XII aveva manifestato la sua ansia apostolica riguardo lo stato della diocesi romana:

«Basta dare uno sguardo allo stato concreto della cura d’anime per dover riconoscere che essa non corrisponde ancora pienamente alle presenti necessità. […] Noi abbiamo il dovere di pensare a quel che resta ancora da fare […]. La città di Roma si è accresciuta, come territorio e come numero di abitanti, con una tale celerità, che l’organizzazione ecclesiastica non ha potuto avanzare di egual passo […]. Un simile stato di cose ci spinge ad accelerare ed aumentare nella massima misura possibile la fondazione di nuove parrocchie e la erezione di nuove chiese».

Negli anni seguenti, decine di nuovi centri religiosi sorsero in tutta la periferia romana. Tra loro anche una nuova chiesa nel quartiere Aurelio, la cui costruzione il cardinal Clemente Micara, vicario di Roma, aveva affidato alla Legione di Cristo e che doveva diventare la Chiesa nazionale messicana in Roma consacrata alla Vergine di Guadalupe, patrona del Messico e dell’America Latina, e san Filippo Martire.

Il 3 aprile 1955 papa Pio XII benedisse personalmente la prima pietra, trasportata a Roma direttamente dalla collina del Tepeyac dove apparve la Madonna in Messico, e la costruzione iniziò poco dopo. Il popolo messicano fornì i mezzi economici per portarla a conclusione, contribuendo con generose offerte. I lavori durarono circa 3 anni e l’inaugurazione era programmata per il 12 ottobre 1958 ma si dovette posticipare a causa della morte del Pontefice. Quel giorno venne celebrata soltanto una messa privata. Così, monsignor José Garibi Rivera, che alcuni giorni dopo divenne il primo cardinale messicano, consacrò l’edificio l’11 dicembre 1958 e il giorno seguente vi fu l’inaugurazione ufficiale, al quale parteciparono numerose personalità laiche ed ecclesiastiche del tempo. L’evento fu presieduto dal cardinal Micara.

Il Vicario di Roma era anche il Presidente della Pontificia opera per la preservazione della fede e la provvista di nuove chiese in Roma. Sotto la sua guida, dal 1951 al 1965 vennero inaugurate ben 118 parrocchie. Sempre, si riservava il compito di porre la prima pietra, inaugurare la chiesa e immettere nel possesso il parroco. Era chiamato il «Visitatore». Tanto fu anche per la chiesa di via Aurelia: il cardinal Micara mise la prima pietra l’11 aprile 1955, presidiò l’inaugurazione il 12 dicembre 1958, eresse la chiesa a Parrocchia e ne nominò il primo parroco, il sacerdote legionario padre Antonio Lagoa, LC, durante il 22 settembre del 1960.

Il 20 novembre 1962, il cardinal José Garibi Rivera incoronò il quadro della Vergine di Guadalupe che sovrasta l’Altare maggiore. Nello stesso giorno, anche san Giovanni XXIII venne a pregare di fronte all’immagine della patrona del Messico e dell’America Latina: fu una visita significativa perché si svolse proprio alla presenza di moltissimi Vescovi messicani e latinoamericani presenti in Roma a ragione dello svolgimento della prima sessione del Concilio Vaticano II. In seguito, anche un altro Papa venne a visitare la chiesa: il 27 gennaio 1980 san Giovanni Paolo II realizò la Visita pastorale alla Parrocchia, in occasione del primo anniversario del suo primo Viaggio pastorale in Messico.

Egli nel 1970 aveva già conosciuto la chiesa come arcivescovo di Cracovia, durante un pellegrinaggio di sacerdoti polacchi. Nell’omelia il Papa sottolineò la trascendenza spirituale della chiesa: «La vostra parrocchia, dedicata a Nostra Signora di Guadalupe, è come una testimonianza vivente del legame, che qui a Roma, nel centro della Chiesa, desideriamo sempre mantenere vivo con la Chiesa
del lontano Continente americano, raccolto attorno alla Madre. […] Questo Cuore, che unisce i popoli interi e i continenti, unisca costantemente voi nelle vostre famiglie, negli ambienti di lavoro, di scuola, di riposo. Vi unisca, attraverso questa Parrocchia, con la Chiesa nella quale vive Cristo, Figlio di Dio e Figlio di Maria, e che opera mediante il suo Spirito».

Lo stesso Giovanni Paolo II il 15 gennaio 1991 conferì alla chiesa il titolo di Basilica minore e finora due ecclesiastici messicani entrambi arcivescovi di Guadalajara hanno portato il titolo di cardinali presbiteri di Nostra Signora di Guadalupe e San Filippo Martire in via Aurelia: dal 1991 al 1993 il cardinal Juan Jesús Posadas Ocampo e il cardinal Juan Sandoval Iñiguez dal 1994 ad oggi.

Un piccolo tassello dell’interesse della Santa Sede per il Messico è stata anche la creazione della Prelatura di Chetumal con la Costituzione apostolica Qui ad beati Pauli Apostoli similitudinem, emanata da Paolo VI il 23 maggio 1970 e firmata dal cardinal Carlo Confalonieri, prefetto della Congregazione dei vescovi. La Prelatura nasceva dalla riunione di due zone distaccate rispettivamente dall’Arcidiocesi di Yucatan e dalla Diocesi di Campeche ed aveva un’estensione di 50.843 km², nel quale operavano soltanto sette sacerdoti ed alcune poche religiose che dovevano assistere spiritualmente circa 88.000 abitanti.

Vi erano unicamente sette chiese ed una serie di cappelle con mura di legno e tetti con foglie di palma. Il 16 luglio 1970 Paolo VI affidava la nuova entità ecclesiastica alla Congregazione, nominandone Amministratore apostolico il sacerdote legionario Jorge Bernal, che vi arrivò insieme ad alcuni suoi confratelli nel novembre dello stesso anno. I Legionari di Cristo si trovarono di fronte a grandi difficoltà: le distanze da un centro all’altro erano enormi, le vie di comunicazione carenti, gli indios parlavano la lingua maya e non lo spagnolo e molti di loro non avevano ricevuto i sacramenti. Si trattava di portare avanti un’autentica missione permanente di evangelizzazione: subito i religiosi cominciarono a costruire ovunque nuove chiese e cappelle e ad amministrare, ininterrottamente, a decine di migliaia di persone i sacramenti del battesimo, della comunione, della confermazione e del matrimonio.

Il 7 dicembre del 1973 Paolo VI nominò padre Bernal vescovo titolare di Velefi, titolo che conservò fino al 1978, e prelato di Chetumal. Monsignor Pio Gaspari, delegato apostolico in Messico, lo con sacrò vescovo il 19 marzo 1974. L’anno seguente, il 28 giugno 1975, monsignor Bernal fu nominato dalla Santa Sede consultore ad quinquiennium della Commissione pontificia per l’America Latina, la cui finalità è quella di studiare i problemi fondamentali della vita cattolica in America Latina collaborando strettamente con le varie conferenze episcopali nazionali.

Nel 1974 le autorità messicane crearono il nuovo stato di Quintana Roo che si convertì ben presto nella zona di punta del turismo in Messico: oggi vi giungono circa 7,5 milioni di turisti ogni anno e vi sono circa 800 hotel. Ciò ha causato tangibili cambiamenti: basti pensare alla cittadina di Cancún, che quando arrivarono i legionari era un minuscolo agglomerato di pescatori con 150 anime e nel quale oggi vivono invece circa 650.000 persone. Questo prodigioso aumento della popolazione è avvenuto ovunque: gli 88.000 abitanti del 1970 sono diventati attualmente circa un milione e 200.000 con 950.000 fedeli cattolici. Tale sviluppo vertiginoso ed impressionante ha naturalmente comportato la profusione di un maggior impegno dei sacerdoti coinvolti nel lavoro di evangelizzazione.

E la risposta c’è stata: nel 2010 nel territorio della Prelatura si contavano 47 parrocchie, 9 quasi parrocchie e 425 cappelle. Nel frattempo, il 20 dicembre 1996 in forza del Decreto Nupera urbs della Congregazione per i vescovi la sede prelatizia è stata trasferita da Chetumal a Cancún e la prelatura ha assunto il nome attuale di Cancún-Chetumal; nel 2004, inoltre, monsignor Pedro Pablo Elizondo è successo a monsignor Jorge Bernal nell’incarico di vescovo prelato. L’attuale vescovo monsignor Elizondo nel libro Una iglesia de corazón misionero. Libro de nuestra historia, edito nel 2010, con le seguenti parole auspica che abbia corso la missione odierna della comunità diocesana di Cancún-Chetumal:

«Abbiamo necessità di rinnovare e trasformare ogni parrocchia in casa e scuola di comunione, di preghiera e di missione, impartendo in via permanente corsi sulla Bibbia, sul Catechismo e sulla dottrina sociale della Chiesa […]. Che la nostra principale strategia pastorale sia la testimonianza di una vita santa, donata senza riserve, costruita nel servizio allegro e infaticabile ai nostri fratelli».