A partir de 1952, la Congregación depende jurídicamente de la diócesis de Roma. En los años de la postguerra, la ciudad de Roma experimentó una fase de rápido incremento demográfico y de veloz urbanización, que planteaba serias urgencias pastorales.

En un discurso a los párrocos romanos, el 8 de marzo de 1952, el papa Pío XII había manifestado su preocupación apostólica por el estado de su diócesis:

«Basta dar una mirada al estado concreto de la cura de almas para tener que reconocer que esta aún no corresponde plenamente a las necesidades presentes. […] Nosotros tenemos el deber de pensar en lo que queda todavía por hacer […] la ciudad de Roma ha crecido como territorio y como número de habitantes, con una tal celeridad, que la organización eclesiástica no ha podido avanzar al mismo ritmo […].  Tal estado de las cosas nos impulsa a acelerar y aumentar en la máxima medida posible la fundación de nuevas parroquias y la erección de nuevas iglesias».

En los años siguientes, decenas de nuevos centros religiosos surgieron en toda la periferia romana. Entre ellos, también un nuevo templo en la zona Aurelia. Esta construcción fue confiada a la Legión de Cristo por el Card. Clemente Micara, vicario para la diócesis de Roma.

Este templo debía convertirse en la iglesia nacional de México en Roma, consagrada a la Virgen de Guadalupe, patrona de México y de América Latina, y a San Felipe Mártir. El 3 de abril de 1955, el papa Pío XII bendijo personalmente la primera piedra transportada a Roma directamente desde la colina del Tepeyac, donde se apareció la Virgen en México. La construcción comenzó poco después. El pueblo mexicano proporcionó los medios económicos para llevarla a cabo, contribuyendo con generosas ofrendas.

Los trabajos duraron cerca de tres años. La inauguración estaba programada para el 12 de octubre de 1958, pero se tuvo que posponer a causa de la muerte del pontífice. Ese día solamente se celebró una misa privada. Mons. José Garibi Rivera, quien pocos días después se convirtió en el primer cardenal mexicano, consagró el templo el 11 de diciembre de 1958 y al día siguiente se tuvo la inauguración oficial. En el evento participaron numerosas personalidades eclesiásticas de la época y fue presidido por el Card. Micara quien, además de vicario de Roma, era presidente de la Obra Pontificia para la Conservación de la Fe y la Provisión de nuevas Iglesias en Roma.

Bajo su guía, entre 1951 y 1965, se inauguraron 118 parroquias. Era llamado «el visitador», ya que siempre se encargaba personalmente de poner la primera piedra, de inaugurar el templo y de presidir la toma de posesión del párroco. Así lo hizo también con la iglesia de Via Aurelia: el Card. Micara puso la primera piedra el 11 de abril de 1955, presidió su inauguración el 12 de diciembre de 1958 y, una vez erigida canónicamente como parroquia, nombró como primer párroco al sacerdote legionario Antonio Lagoa, LC, el 22 de septiembre de 1960.

El 20 de noviembre de 1962, el Card. José Garibi Rivera coronó el cuadro de la Virgen de Guadalupe que se encuentra sobre el altar mayor. El mismo día, san Juan XXIII fue a rezar frente a la imagen de la patrona de México y de América Latina. Se trató de una visita significativa porque se realizó en presencia de muchos obispos mexicanos y latinoamericanos, presentes en Roma con motivo de la primera sesión del Concilio Vaticano II. Por su parte, san Juan Pablo II realizó una visita pastoral a la parroquia el 27 de enero de 1980, con ocasión del primer aniversario de su primer viaje pastoral a México. Él ya había conocido la iglesia en 1970 como arzobispo de Cracovia durante una peregrinación de sacerdotes polacos. En la homilía, el papa subrayó la trascendencia espiritual de la Iglesia:

«Vuestra parroquia, dedicada a Nuestra Señora de Guadalupe, es como un testimonio viviente del vínculo que aquí en Roma, en el centro de la Iglesia, deseamos mantener siempre vivo con la Iglesia del lejano continente americano, reunido en torno a la Madre. […] Este Corazón que une a todos los pueblos y continentes, os una también a vosotros constantemente en vuestras familias, en los ambientes de trabajo, de enseñanza, de descanso. Os una, a través de esta parroquia, con la Iglesia en la que vive Cristo, Hijo de Dios e Hijo de María, y que actúa por medio de su Espíritu».

El 15 de enero de 1991, el mismo Juan Pablo II, confirió a la iglesia el título de Basílica menor y hasta ahora dos eclesiásticos mexicanos, ambos arzobispos de Guadalajara, han llevado el título de cardenales presbíteros de Nuestra Señora de Guadalupe y San Felipe Mártir en Via Aurelia: de 1991 a 1993 el Card. Juan Jesús Posadas Ocampo y el Card. Juan Sandoval Iñiguez desde 1994 hasta el día de hoy.

Una muestra del interés de la Santa Sede por México fue la creación de la Prelatura de Chetumal, con la Constitución Apostólica Qui ad beati Pauli Apostoli similitudinem, promulgada por Pablo VI el 23 de mayo de 1970 y firmada por el Card. Carlo Confalonieri, prefecto de la Congregación para los Obispos. La prelatura nacía de la unión de dos zonas separadas respectivamente de la arquidiócesis de Yucatán y de la diócesis de Campeche. Tenía una extensión de 50 843 km2, en la que trabajaban solo siete sacerdotes y algunas religiosas, que debían asistir espiritualmente a 88 000 habitantes.

Solo había siete iglesias y una serie de capillas con muros de madera y techos con hoja de palma. El 16 de julio de 1970 el beato Pablo VI confiaba la nueva entidad eclesiástica a la Legión, nombrando administrador apostólico al sacerdote legionario Jorge Bernal, quien llegó al territorio de la prelatura junto con algunos sacerdotes Legionarios en noviembre del mismo año.

Los Legionarios de Cristo encontraron grandes dificultades: las distancias eran enormes, faltaban vías de comunicación, una parte importante de los habitantes de la región eran indígenas, solo hablaban la lengua maya y muchos de ellos no habían recibido los sacramentos. Se trataba de llevar adelante una auténtica misión permanente de evangelización. Muy pronto comenzaron a construir en varias partes nuevas iglesias y capillas, administraron ininterrumpidamente decenas de miles de veces los sacramentos del bautismo, de la Eucaristía y del matrimonio.

El 7 de diciembre de 1973 Pablo VI nombró al P. Jorge Bernal obispo titular de Velefi (título que conservó hasta 1978) y prelado de Chetumal. Mons. Pío Gaspari, delegado apostólico en México, lo consagró obispo el 19 de marzo de 1974. El año siguiente, el 28 de junio, Mons. Jorge Bernal fue nombrado por la Santa Sede Consultor ad quinquiennium de la Comisión Pontificia para América Latina. La misión de esta comisión es estudiar los problemas fundamentales de la vida católica en América Latina y colaborar estrechamente con varias conferencias episcopales nacionales.

En 1974, las autoridades mexicanas crearon el nuevo estado de Quintana Roo, que se convirtió rápidamente en zona alta de turismo en México: actualmente llegan cerca de 7,5 millones de turistas cada año y hay cerca de 800 hoteles. Esto ha causado cambios tangibles. Basta pensar en la ciudad de Cancún que, cuando llegaron los Legionarios era una pequeña aglomeración de pescadores, con 150 almas, mientras que hoy cuenta con cerca de 650 000 habitantes.

Este asombroso aumento de la población se ha dado en todas partes: los 88 000 habitantes de 1970 han llegado a ser actualmente 1 200 000, de los cuales unos 950 000 son fieles católicos. Naturalmente este desarrollo vertiginoso e impresionante ha significado una profusión de los sacerdotes empeñados en la evangelización, que ha tenido evidentes resultados. Así en 2010 había 47 parroquias en el territorio de la prelatura, 9 casi parroquias y 425 capillas.

El 20 de diciembre de 1996, con el decreto Nupera urbs, de la Congregación para los Obispos, la sede prelaticia fue transferida de Chetumal a Cancún y la prelatura asumió el nombre actual, de Cancún-Chetumal. En 2004 Mons. Pedro Pablo Elizondo, LC, sucedió a Mons. Jorge Bernal como obispo de la prelatura. En el libro Una iglesia de corazón misionero. Libro de nuestra historia, editado en el 2010, Mons. Pedro Pablo expresa su deseo de que se desarrolle la misión actual de la comunidad diocesana de Cancún-Chetumal con las siguientes palabras:

«Necesitamos renovar y transformar cada parroquia en casa y escuela de comunión, de oración y de misión, impartiendo permanentemente cursos de Biblia, de Catecismo y de Doctrina social (…). Que nuestra principal estrategia pastoral sea el testimonio de una vida santa, entregada sin reservas, desgastada al servicio alegre e incansable a nuestros hermanos».