Entre el 31 de mayo y el 2 de junio de 2006 se desarrolló en Roma el II Congreso mundial de los Movimientos eclesiales y de las nuevas comunidades que afrontó el tema La belleza de ser cristiano y la alegría de comunicarlo.

Mientras este evento organizado por el Pontificio Consejo para los Laicos se realizaba, en el Ateneo Pontificio Regina Apostolorum se tuvo un Encuentro internacional de Juventud y Familia con la participación de miles de miembros del Regnum Christi provenientes de 24 naciones distintas: Canadá, Estados Unidos, México, El Salvador, Venezuela, Colombia, Perú, Brasil, Uruguay, Chile, Argentina, España, Irlanda, Inglaterra, Italia, Alemania, Austria, Polonia, Hungría, Filipinas, Corea del Sur, Australia y Nueva Zelanda.

El Movimiento crecía y sus miembros manifestaron la exigencia de un texto que expresase de manera sucinta su espiritualidad y tradiciones. Así, en 2008 fue publicado el Manual del miembro del Regnum Christi. En el epílogo de este manual se indica que «el auténtico miembro del Regnum Christi, siguiendo las huellas de Jesucristo, solo puede realizar su misión en la vida amando».

En enero de 2009 el Card. Stanislaw Rilko, presidente del Pontificio Consejo para los Laicos, pudo constatar personalmente este espíritu al visitar las secciones, las obras de apostolado, los centros de formación del tercer grado masculino y las escuelas de la Ciudad de México. Allí se detuvo con distintos miembros del Regnum Christi y del ECYD. Durante un encuentro en la sección de Sierra Fría dijo:

«Estas visitas a las sedes del Regnum Christi son para mí momentos de gran maravilla porque demuestran cuántos frutos distintos es capaz de generar vuestro carisma en la vida de las personas y en la de la Iglesia. […] ¡Cuántas iniciativas, cuántos proyectos! Cualquier que os escuche, quedaría maravillado. Estoy realmente sorprendido por esta creatividad. Del mismo carisma nacen tantas iniciativas bellísimas y no me queda que felicitarme. Sed verdaderamente fieles al Espíritu Santo que actúa en vosotros, dejándoos guiar para que os haga crecer en humanidad y en vuestra vocación cristiana».

Poco tiempo después, se inició en el Movimiento la crisis relacionada con los hechos del P. Maciel.

De hecho, en una primera fase en octubre de 2011 el delegado pontificio concedió las funciones hasta entonces ejercidas por el delegado del director general a los asistentes generales de las consagradas y de los consagrados, asistidos por tres consejeros.

También se reservó la aprobación de todas las decisiones de importancia. En febrero de 2012 suspendió dicha figura de los dos asistentes generales y «en relación con el gobierno de la vida interna» nombró delegado al padre Gianfranco Ghirlanda, SJ, para la vida consagrada masculina y al padre Agostino Montan, CSI, delegado para la vida consagrada femenina, especificando que estos deberían actuar según la forma del «gobierno interno típico de una asociación de fieles». El 27 de mayo del mismo año promulgó el Reglamento para los miembros consagrados del Regnum Christi. Este reglamento es un documento provisorio que sustituyó a aquel que corresponde a los miembros consagrados en los Estatutos aprobados en 2004. Esta sustitución se dio a la luz del c. 587 §3 del Código de Derecho Canónico y tuvo en cuenta tanto los Estatutos y reglamentos como los Principios y normas de los miembros del Tercer grado femenino del Movimiento Regnum Christi. Estos últimos eran dos «textos normativos muy largos y detallados» que «fueron dados por el P. Maciel, en cuanto responsable del tercer grado del Regnum Christi».

Estos actos fueron el prólogo del histórico nacimiento de un gobierno general autónomo el 1 de junio de 2012. Jorge López se convirtió en el responsable general de los consagrados y Gloria Rodríguez en la responsable general de las consagradas. En octubre se fundó la Comisión central para la revisión de los Estatutos de los consagrados del Regnum Christi.

Esta comisión trabajó hasta la celebración de las dos Asambleas generales que se tuvieron entre noviembre y diciembre de 2013. Su principal finalidad fue aprobar los respectivos textos fundamentales y elegir los nuevos cuadros de gobierno.

Así, el 12 de diciembre de 2013 el delegado pontificio pudo aprobar ad experimentum los Estatutos de la Asociación internacional y privada de fieles de derecho pontificio de los Laicos Consagrados del Regnum Christi y de la Asociación internacional y pública de fieles de derecho pontificio Consagradas del Regnum Christi remitiendo la aprobación definitiva a las autoridades competentes. Como responsables generales fueron confirmados Jorge López y Gloria Rodríguez.

El delegado encuadró después la situación del Movimiento en una óptica amplia:

«los hechos mismos nos han llevado a confrontarnos con la realidad completa, comprometida en el anuncio y en el apostolado del Regnum Christi: la Congregación de los Legionarios, el Movimiento Regnum Christi con su componente laical y con su componente de consagrados (rama femenina y rama masculina). Se trata evidentemente de realidades emparentadas en el mismo compromiso apostólico y en la espiritualidad; se trata de realidades que participan de un mismo carisma vivido por cada grupo según una identidad propia: la identidad laical fundada en el bautismo, la identidad de personas consagradas que viven de manera asociativa los consejos evangélicos en el mundo y la de sacerdotes religiosos. […] parece imponerse también la exigencia de formular una plataforma común sobre el carisma y algunas normas que regulen las relaciones recíprocas en la vida de la Iglesia y en el apostolado según la identidad propia de cada grupo. […] Solo partiendo de la reflexión sobre la identidad y sobre la misión propia de todo el cuerpo y de la única familia se podrán individuar mejor las características propias de cada una de las partes y de las mutuas relaciones.

[…] Por lo tanto, hemos tomado conciencia de que es necesario reflexionar sobre los diversos componentes del Regnum Christi partiendo de la historia, de la identidad, del espíritu y de la misión común y según el papel particular que corresponde a cada parte en el conjunto. […] Para tal reflexión será necesario preparar el borrador de un texto y después reflexionar sobre él todos juntos. Se podría decir que se trata de elaborar un “estatuto general” o “norma fundamental”, o una “regla” común a todos los miembros del Regnum Christi, incluidos los Legionarios. El texto en cuestión guiará la reflexión de todos».

Después de varias reuniones en las que participaron miembros pertenecientes a las diversas vocaciones que comparten el carisma, el 19 de octubre de 2012 fue presentado el documento denominado Lineamentos del carisma del Movimiento Regnum Christi, que según el cardenal, Velasio De Paolis, se trataba de «un texto no definitivo» que «no intenta innovar nada acerca del carisma mismo del Regnum Christi y de la partes que lo componen; sino aclararlo, asimilarlo y profundizarlo». Una significativa y pequeña novedad aparece en este sentido.

El 16 de junio de 2010, el papa Benedicto XVI mencionó una «familia religiosa» en la carta de nombramiento del delegado pontificio; el 15 de febrero de 2012 el mismo delegado hacía por primera vez una explicita referencia a una «familia carismática»; en los Lineamientos de octubre del 2012 se lee que en el Regnum Christi las «distintas categorías», viven como «miembros de una sola familia carismática y apostólica».

Un debate positivo sobre este punto central se tuvo durante el congreso La primavera de la Iglesia y la acción del Espíritu. Este se llevó a cabo en Roma, en mayo de 2013, en el Ateneo Pontificio Regina Apostolorum, al mismo tiempo que se tenía el primer encuentro del papa Francisco con las nuevas realidades eclesiales.

En él participaron representantes de Comunión y Liberación, de los Focolares, de la Comunidad de S. Egidio, de Renovación en el Espíritu y del Camino Neocatecumenal, para intercambiar entre sí aportaciones sobre la contribución actual de los movimientos a la difusión de la fe. Mediante algunas mesas redondas, la profundización del carisma del Regnum Christi surgió espontáneamente de los caminos personales de fe y de las experiencias de apostolado de quien ofreció su propio testimonio.

Al final del 2013 se redactó un Convenio de colaboración provisorio entre los diversos componentes con la finalidad de lograr una gestión compartida del apostolado y de la administración. Este convenio debía ser analizado en el nuevo capítulo de la Legión y en las primeras Asambleas de los consagrados y de las consagradas. El camino hacia una idónea configuración canónica y a los Estatutos Generales continuó despuésen 2014.

En el mes de julio, el Card. João Braz de Aviz, prefecto de la Congregación para los Institutos de Vida Consagrada y las Sociedades de Vida Apostólica nombró al P. Gianfranco Ghirlanda, SJ, asistente pontificio de los Legionarios de Cristo para ayudar al gobierno general sobre todo en este objetivo.

Mientras tanto, se tuvo una reunión de los gobiernos generales de la Congregación, de los consagrados y de las consagradas junto con representantes del Primer y Segundo grado. Así se llegó a un acuerdo llamado Marco provisional para la colaboración en la misión del Regnum Christi a nivel general y territorial, al nacimiento de la Comisión central para la revisión del Estatuto general y a la constitución de un Comité directivo general.

Este último organismo comenzó sus reuniones el 1 de abril del 2014. Fue la primera histórica reunión unitaria para involucrar a todas las ramas de la «familia carismática y apostólica» del Regnum Christi, «mediante la participación y la corresponsabilidad, a la gestión de la misión evangelizadora del Movimiento».

En fin, a partir del 2 de octubre de 2014 se comenzó un específico proceso de reflexión de los miembros de Primer y Segundo grado «sobre la propia vida, espiritualidad y misión como miembros del Movimiento».