En 1966, con la Carta Apostólica Ecclesiae Sanctae, el papa Pablo VI «con el fin de promover una adecuada renovación» invitó a todos los institutos religiosos a convocar un capítulo general.

Por este motivo, y también porque ya se había conseguido el Decretum laudis y era, por tanto, necesario comenzar una nueva fase de institucionalización, el 21 de junio de 1968 fue convocado un Capítulo General extraordinario, que sería el primero en la historia de la Congregación. Se llevó a cabo en dos sesiones distintas: la primera en Roma en 1968 y la segunda en Dublín en 1969. En él participaron 17 padres capitulares que eligieron por primera vez los cuadros de gobierno y elaboraron dos documentos sucesivos: el Mensaje del Capítulo General a todos los Legionarios (1968) y la Comunicación de los Padres Participantes en el primer Capítulo General a todos los religiosos de la Legión al término de las sesiones celebradas durante el segundo periodo, agosto-octubre 1969 (1969).

Ambos textos subrayaban la adhesión plena de la Congregación a la Iglesia y al papa en aquellos primeros años del postconcilio, la importancia para todos los Legionarios de observar el espíritu de las Constituciones, la trascendencia de la corresponsabilidad en la realización de la misión asignada y el carácter imprescindible de una profunda preparación apostólica en todos los campos para poder afrontar el crecimiento en las distintas actividades y obras que se estaba dando.

Después de doce años, el II Capítulo General ordinario fue convocado el 31 de octubre de 1991 y tuvo lugar en la Sede de la dirección general en Via Aurelia en Roma. Participaron 26 padres capitulares entre noviembre y diciembre de 1992. El resultado de los trabajos fue publicado en 1993 con el título de Comunicado y Decretos.

Este texto se detiene sobre todo en la misión de la Legión de Cristo en la Iglesia del tiempo, en el proceso de institucionalización interna que había caracterizado a la Congregación en los años 80 y en la formación de los religiosos del Instituto.

Por otra parte, trata ampliamente sobre la situación de la prelatura de Chetumal, sobre el Movimiento Regnum Christi, sobre el ECYD y sobre otras obras de apostolado. También actualiza algunas normas disciplinares. El 18 de diciembre de 1992, el papa Juan Pablo II recibió a los padres capitulares en una Audiencia privada en la Sala del Trono del Palacio Apostólico; el Santo Padre les exhortó con las siguientes palabras:

«Dios Padre os ha bendecido con abundancia de vocaciones, a las cuales tratáis de dar una formación humana, doctrinal y espiritual de cara a los desafíos que se presentan a la Iglesia en la época actual. Con la vitalidad y alegría que os caracterizan, tenéis la posibilidad de contribuir —a través también del Movimiento Regnum Christi, que difunde vuestra espiritualidad entre los laicos, jóvenes y adultos— a la renovación cristiana de la sociedad según las exigencias del Evangelio, particularmente con la nueva evangelización».

Del 8 de enero al 25 de febrero del 2014 tuvo lugar un nuevo Capítulo General extraordinario, celebrado bajo la presidencia del delegado pontificio, el Card. Velasio De Paolis, CS, y la asistencia de sus consejeros, los padres Gianfranco Ghirlanda, SI y Agostino Montan, CSI.

El capítulo se desarrolló una vez más en la Sede de la dirección general y contó con la participación de 61 padres capitulares. Las principales tareas fueron la revisión de las Constituciones y la elección de un nuevo gobierno.

El Comunicado capitular fue publicado pocos días después y trata de los siguientes puntos, vistos a la luz del proceso de reforma que se ha realizado en los últimos años: La identidad carismática de la Legión de Cristo, las relaciones entre la Congregación y el Movimiento Regnum Christi, la vida fraterna en comunidad, la vida litúrgica y de oración, la formación del religioso legionario y la Ratio Institutionis, la renovación apostólica, el gobierno, la autoridad y la obediencia, la administración y el voto de pobreza.