Con un comunicado del 25 de marzo de 2010, el gobierno general y todos los directores territoriales reconocieron públicamente los hechos inmorales atribuidos al P. Maciel y los condenaron, pidiendo perdón a las víctimas. Ellos afirmaron que

«frente a la gravedad de las faltas, no podemos mirar su persona como un modelo de vida cristiana o sacerdotal».

El 6 de diciembre de 2010, ya bajo la guía del delegado pontificio, el gobierno general aprobó un decreto que contenía algunas disposiciones con respecto a la figura del P. Maciel e indicaba criterios sobre el modo de referirse a él, el uso de sus escritos, discursos y fotografías, los aniversarios de acontecimientos de su vida y el uso de los inmuebles de la Congregación existentes en su pueblo natal en México. Más tarde, en enero de 2012, se dieron otras instrucciones sobre el aniversario de su muerte. Este camino introspectivo prosiguió con la celebración del Capítulo General extraordinario: con un mensaje del 6 de febrero de 2014 los padres capitulares ilustraron su posición sobre el fundador:

«queremos expresar nuestro hondo pesar por el abuso de seminaristas menores de edad, los actos inmorales con hombres y mujeres adultos, el uso arbitrario de su autoridad y de bienes, el consumo desmesurado de medicamentos adictivos y el haber presentado como propios escritos publicados por terceros. Nos resulta incomprensible la incoherencia de seguirse presentando durante décadas como sacerdote y testigo de la fe, mientras ocultaba estas conductas inmorales. Todo esto lo reprobamos firmemente (…) reconocemos con tristeza la incapacidad inicial de creer los testimonios de las personas que habían sido víctimas del padre Maciel, el largo silencio institucional y, más adelante, los titubeos y errores de juicio a la hora de informar a los miembros de la Congregación y a las demás personas. Pedimos perdón por estas deficiencias que han aumentado el dolor y desconcierto de muchos».

Después en el punto 11° del Comunicado capitular, titulado significativamente «El plan de Dios y el papel limitado del fundador», se lee:

«Siguiendo la doctrina común sobre los institutos religiosos en la Iglesia, la Legión de Cristo y sus rasgos esenciales no tienen su origen último en la persona del fundador; son un don de Dios que la Iglesia ha acogido, aprobado y hecho propio y que desde entonces vive en la Congregación y en sus miembros. Por tanto, al hablar de nuestro carisma fundacional no debemos mirar solo el impulso inicial de Dios o cómo el fundador ha acogido esta gracia en su vida, sino reconocemos que estamos delante de un carisma ya configurado e institucionalizado en la Iglesia. Dios nos ha confiado este don, y en nuestra Congregación, con todas sus vicisitudes históricas, podemos descubrir su plan providente».